(一)办公室。负責机关日常运转。承担机关政务、事务、服务事项的组织协调落实工作。承担日常文电办理、文件文稿起草、会议筹备组织、后勤服务保障等工作。

　　(二)人事教育科。承担机关的机构编制、人事管理、劳动工资、教育培训、目标考核、干部监督、出国(境)管理等エ作，监督指导所属单位人事教育相关工作。指导行业人才队伍建设。承担职业资格相关工作。

　　(三)政策法规科。组织政策调查研究，承担行业深化改革相关工作。指导行业依法行政工作。承担规范性文件合法性审查、市场公平性竞争审查、行政复议、行政应诉、普法、法律顾问事项管理等工作。协调交通运输信用体系建设。

　　(四)规划科。拟订全盟公路水路相关规划并组织实施。组织拟订综合交通运输发展规划，参与拟订物流业发展规划。提出相关固定资产投资规模和方向、政府和社会资本合作项目建议以及资金投资项目安排建议。承担相关建设项目工程可行性研究工作。协调公路水路行业环保节能、污染防治等工作。承担统计分析工作。

　　(五)建设管理科。监督管理公路水路建设工作。按规定权限负责公路水路建设工作。按规定权限负责公路水路建设项目的设计审批、施工许可、实施监督和竣工验收工作，监督指导工程造价、招标投标、从业资质、质量监督相关工作。

　　(六)公路科。监督管理公路养护、收费、运菅服务工作，拟定相关政策并监督实施。按规定的管理权限承担涉路工程和收费公路相关事项。组织协调公路统筹调度、抢险救灾工作。组织公路联网收费相关工作。监督指导农村牧区公路工作。

　　(七)运输服务科。负责道路水路运输市场监督管理，拟订相关政策并监督实施。负责权限内的道路旅客运输、航道通航条件影响评价管理。监督指导道路水路旅客运输、国际道路运输、货物运输、客货运输场站经营、机动车维修、营运车辆综合性能检测、机动车驾驶员培训、从业人员管理等工作。指导公共汽车、出租汽车、汽车租赁、网约车等城市客运管理。组织协调重点物资、紧急客货运输。组织协调公路水路物流工作。指导航道、港口、码头养护，监督指导船舶登记、检验和船员管理。监督管理水上交通安全工作，指导水上交通管制、通信导航、救助打捞等工作。承担“扫黄打非”相关工作。

　　(八)财务科。拟订行业财务管理制度并监督实施。承担盟管交通建设项目资金使用的监督管理工作，防范和化解相关政府性债务凤险。承担专项资金、预算安排建议和决算编制、政府采购、信贷、利用外资等工作。承担相关国有资产保值增值监督管理工作。承担机关财务管理工作。组织实施行业内部审计工作。

　　(九)安全监督管理科。组织拟订公路水路安全生产管理制度和应急预案并监督实施。监督管理行业安全生产工作和应急处置体系建设。组织安全生产相关事故调查处理工作。

　　(十)交通战备和科技科。承担交通战备日常工作，参与国边防公路建设，承担民用运力国防动员、征用，组织协调盟内军事行动的交通运输保障工作。负责行业科技创新和推广作，拟订相关管理制度并监督实施。拟订相关科技项目计划，协调科技项目研究、科技成果转化和推广应用。承担标准化管理工作。承办交通运输行业技术行政管理日常工作。

　　机关党委。负责机关及所属单位的党群、纪检等工作。

　　离退休人员工作科。负责离退休人员服务管理工作。